Много трагических событий совершилось на маленьком клочке святой земли - острове Столобный - за 70 лет безбожной власти. В годы лихолетий не одна святая обитель подверглась разорению и надругательству. Земля Русская, как жемчугом усеянная множеством храмов и монастырей, была опустошена и осквернена.
То, что создавалось веками, было уничтожено за считанные годы. Вера православная всегда была на Руси оплотом духовности и святости. Вера и святость были не в бездушном камне, но в душах человеческих. Несмотря на тяжкие испытания, народ православный явил беспримерный подвиг веры и преданности воле Божией, и Господь не оставил народа своего, помянул кровь мученическую, пролитую за Создателя и Спасителя мира.
В 1988 году Русская Православная Церковь торжественно отмечала великую дату - тысячелетие Крещения Руси. С этого момента начинается долгожданное и скорое возрождение духовной жизни в России. Православной Церкви возвращаются храмы и монастыри. Воистину это милость Божия. Из «гнилых сосудов» Господь творит себе пастырей, монахов и благочестивых мирян. И, как сказано в Евангелии, в последние времена «Он собирает жатву в житницу свою».
Господь проявил к нам такую милость по неотступным ходатайствам Пречистой Его Матери, Богородицы Приснодевы Марии, и по молитвам бесчисленного сонма святых небожителей и новомучеников.

Мы знаем и веруем, что одним из таких небожителей и предстателей пред престолом Божиим является великий Божий угодник преподобный Нил, Столобенский чудотворец. Находясь на небесах и предстоя у престола Божия, преподобный Нил Столобенский никогда не оставлял той земли, куда привел его Господь и где совершил он столько трудов и подвигов. Неотступно пребывает он духом на месте сем. Слышит он и внемлет мольбам и молитвам тех благочестивых людей, которые обращаются к нему с верою и любовью.

При жизни своей преподобный Нил Столобенский проявлял любовь и милосердие и по отношению к злым людям. Даже после того, как совершилось кощунственное вскрытие его мощей, не отвратился святой от людей. Известно, что, когда святые мощи были выставлены как музейный экспонат, множество людей и в то время - невидимо для человеческих глаз - обращались к преподобному с верою в то, что не откажет святый Божий угодник никому в небесном покровительстве.
30 марта 1947 года осташковский Вознесенский храм, в котором пребывали мощи преподобного Нила, был возвращен Церкви. В нем начались богослужения. Впоследствии для святых мощей была устроена резная вызолоченная рака и сень.
В 1955 году в Вознесенский храм города Осташкова был назначен настоятелем тогда совсем еще молодой священник, Владимир Иванович Шуста - выпускник Ленинградской духовной академии. Нелегкое было то время для всей Православной Церкви. Нелегко было православным людям хранить веру и жить полнокровной церковной жизнью. Нелегко было и отцу Владимиру нести тяжелый крест настоятельства. Но вера, молитва и упование на милость
Божию покрывают все немощи человека. С первых дней своего служения отец Владимир духовно ощущал незримое присутствие и молитвенную помощь преподобного Нила. Более сорока лет прослужил он в Вознесенском храме у его мощей.

В марте 1990 года Московская Патриархия Русской Православной Церкви обратилась в Совет Министров РСФСР с просьбой о получении в пользование зданий и сооружений Нило-Столобенской пустыни. Учитывая просьбу Московской Патриархии, Совет Министров 21 сентября 1990 года решил: в целях сохранения памятника архитектуры и использования его по назначению передать комплекс Нило-Столобенской пустыни в пользование Московской Патриархии Русской Православной Церкви.

По слову Господа нашего Иисуса Христа, «не может град укрытися верху горы стоя» (Матф., 5, 14), так и здесь - не могла жемчужина земли Русской остаться просто застывшим в камне памятником архитектуры. По воле Божией, а наипаче предстательством самого Божия угодника преподобного Нила Столобенского, Святейший Синод дает благословение на открытие монастыря. В начале 1991 года обитель возобновила свое служение. Епископом Тверским и Кашинским Виктором на должность наместника был назначен бывший настоятель Вознесенской церкви митрофорный протоиерей Владимир Иванович Шуста, к тому времени удостоенный многих церковных наград. 30 марта 1991 года отец Владимир принял постриг с именем Вассиан. Наступило время возрождения Ниловой пустыни. Появились первые насельники, в монастыре началось молитвенное делание.

20 декабря 1991 года, в день памяти Нила, Столобенского чудотворца, епископом Тверским и Кашинским Виктором в Благовещенском приделе Богоявленского собора была совершена первая Божественная литургия. С этого дня в монастыре каждодневно совершаются богослужения.